La orografía del municipio está ligeramente ondulada por colinas calizas que destacan de terrenos, más o menos llanos, arcillosos, y cuya altitud varía entre los 400 y 550 msnm. Todos estos llanos y colinas se encuentran rodeados por un cinturón montañoso perteneciente a las sierras prepenibéticas, y que alcanzan la máxima altura con la Sierra Ahillos con 1.455 msnm. A dos km al oeste de Alcaudete, se encuentra la Sierra Orbes con 787 msnm. El cerro Caniles llega a los 839 msnm. Entre Bobadilla y Noguerones la Sierra Villodres a más de 600 msnm. Al sur San Pedro con más de 1.000 msnm. En dirección este-oeste al wste se eleva una cadena abrupta cuyo nombre es Ahillo y en donde se alcanzan las alturas máximas del término, con 1.455 msnm.
La altura del pueblo no es homogénea respecto al nivel del mar, sino que varía según la parte del mismo que consideramos. Así la plaza del ayuntamiento está a unos 640 msnm, el barrio de Corea a unos 700 msnm, el barrio Bajo a unos 600 msnm, etc. Alcaudete se encuentra situado en las cordilleras Béticas, al norte de la zona Subbética y en contacto con la Prebética. Se pueden distinguir tres unidades:
- San Pedro al sur
- Ahillo en el centro
- Villodres al norte
Las tres unidades presentan una base común: un trias superior o Keuper de facies germánicas, compuesto por sedimentos terrestres de la llanura de inundación: margas verdes, amarillas y sobre todo rojas que contienen yesos, areniscas y material de tipo volcánico. La base de este Keuper podrá ser un Muschelkalt formado por calizas negras muy duras y sin formas por lo que no puede asegurarse que sea de esta época.
Durante el Jurásico la región se hunde al funcionar una serie de fallas del zócalo cristalino, formándose surcos en dirección Este-Oeste a distintas profundidades. En este momento se delimitan las tres unidades, siendo la de Villodres de tipo nerítico y las dos restantes (San Pedro y Ahillo) de tipo pelágico, más profunda la de San Pedro que la de Ahillo. En estas dos el lías inferior es calizo y de gran potencia, y sin forma, son calizas duras y dolomías. El lias medio esta formado por calizas margosas dé color gris y, el superior por calizas nodulosas rojas con mucha fauna y de facies Ammonitico Roseo. El Dogger y el Malm están representados en ambas unidades por calizas-blancas, duras con nódulos de sílex. El cretáceo es margoso, en general con fauna. Son margo-calizas blancas y blandas.
La parte de Villodres está poco estudiada, pero en general es menos profunda que las otras, apareciendo margas y calizas. Estas series fueron plegadas y elevadas durante los movimientos alpinos, cabalgando la serie de San Pedro sobre la de Ahillos, y ambas sobre la de Villodres. Numerosas fallas cortaron las series ya superpuestas y la erosión barrió de la zona central parte de la unidad de San Pedro apareciendo la de Ahillos. Por otra parte los sedimentos marinos no contienen minerales. Sólo hay trazas de cromo y cobrerudimentarios en la Sierra de San Pedro, debido al episodio volcánico. El trías presenta une coloración roja, pero esto sólo induce un ambiente oxidante y no la presencia de hierro. En cuanto al petróleo existen numerosas rocas madre, pero faltan las rocas almacén y las trampas.
El aprovechamiento de minerales y rocas se reduce por tanto a los yesos triásicos y a las calizas. Los yesos se utilizan para la producción comercial de la comarca, y las calizas para la construcción y para cemento.
En cuanto a los suelos para la agricultura, son rentables la mayor parte de ellos, sobre todo en las riberas de los ríos, donde se ha acumulado tierra proveniente de la descomposición de la caliza, muy fértil y rica en elementos nutritivos. Su cultivo principal son losfrutales. En los puntos donde el suelo no ha sido barrido por la erosión, más del 92% es apropiado para el cultivo del olivo.
Las cimas y laderas de Ahillos, Caracolera, San Pedro, Villodres, etc., admiten una repoblación forestal a base de coníferas.
Las mayores alturas localizadas en el municipio son: la Sierra Ahillo con 1.455 m, Morrón Redondo con 1.020 m, Morrón Largo con 957 m, el Cerro de los Santos con 831 m, la Sierra de la Caracolera (de Codes) con 1.285 m, la Sierra de San Pedro con 1.043 m, Caniles con 839 m, Torre Maestra con 812 m, la Sierra Orbes con 787 m, Calvario con 688 m, Villodres con 615 m, la Sierra Chircales con 1.205 m y Cerro Utrera con 979 m
