Río Víboras
Entra este río en el término de Alcaudete después de pasar por la venta de Pantalones, entre los cortijos del Almendro y del Pontón, recibiendo próximo al primero por la derecha el arroyo de las Rosas y por la izquierda cerca del segundo el arroyo de la Fuente la Zarza. Continua el río siendo atravesado por el puente por el que discurre el ferrocarril, cerca del que se encuentra un puente medieval, llamado "puente romano" por creerse que formaba parte de un ramal de la calzada romana.
Prosigue el Víboras entre alturas aproximadas de 500 msnm, recibiendo por la derecha los arroyos del Chaparral y Despeñabueyes. Se introduce en el Vado Judío para llegar después hasta la carretera Cabra-Úbeda. Sigue discurriendo cerca de la carretera durante dos kilómetros, entre Sierra Llorosa y la Cebezuela recibiendo por la izquierda el arroyo del Llamo del Arenal, y por la derecha los arroyos del Valle y de Villodres. En éste trayecto tiene un puente en el Vado Hondo. Después se separa de la carretera, donde se unirá ya nuevamente en Noguerones, recibiendo el arroyo de Mazorque. Después prosigue su curso hasta unirse al río San Juan, que más tarde se une el río Guadalquivir, con el nombre de Guadajoz.
El caudal de agua de este río es muy irregular, dependiendo del régimen de lluvias. En verano en algunos lugares desaparece, por la escasez de lluvias, sin embargo en invierno, con grandes tormentas llega o desbordarse. Riega unas 35.000 ha o lo largo de su recorrido. Este río supone gran importancia para el desarrollo de los cultivos de hortaliza de Alcaudete, puesto que es en las riberas de los ríos, debido a la abundancia de agua donde estos cultivos son habituales.
Este río tiene uno longitud total, hasta su unión con el río San Juan, de 37 km . Dentro del término posee unos 15,5 km de su recorrido total.
Río San Juan
Nace en el término municipal del Castillo de Locubín, aunque su nacimiento no está muy claro, parece que nace en los montes Gracia y cerro Marroquí, cerca de Valdepeñas. Entra en el término de Alcaudete por el puente de Alcalá, continua por Saltobazos dejando a su izquierda la Torre de Ajos y otros parajes. Recibe por la derecha el arroyo de Chiclana, que sirve de línea divisoria con el término del Castillo en gran longitud. Por este mismo lado recibe el arroyo Meneses. Ente río forma límite con Fuente Tojar, en el transcurso del cuál recibe por la derecha el arroyo de Fuente Nueva. Vuelve a formar límite con Priego de Córdoba hasta cerca del puente de Baena, donde se le une el río Salado.
A partir de la desembocadura del Salado se le da el nombre de Guadajoz. Recibe en este trayecto por la derecha el arroyo de Luceríco, al que se le une, antes de llegar a él, el arroyo de Chorreadero, Zagales y el de Viruelo. Cuando se le une el río Víboras empieza a formar límite con Baena recibiendo por la derecha el arroyo de Algibejo. Riega a lo largo de su recorrido 29.000 ha
Al igual que el Viboras, éste sufre el estiaje, pero con menor intensidad, no llegándose a secarse. Su longitud hasta el puente de Baena es de 33 km, encontrándose dentro del término 23,6 km .
Fuente Amuña
Su caudal es muy irregular, tiene un caudal muy abundante con las lluvias y disminuye considerablemente en tiempos de sequía. De esta fuente toma parte de su agua el municipio para el abastecimiento público de Alcaudete, que antes tenía carácter privado. De ahí la importancia de esta fuente, que fue un factor decisivo para el establecimiento de Alcaudete en esta zona.
Otros recursos fluviales
Además de lo mencionado anteriormente, existen en el término municipal de Alcaudete, dos lagunas de una extensión considerable, situadas al Oeste del casco urbano y cerca del río Víboras, a unos 5 km de la confluencia de éste con el río San Juan, y que reciben el nombre de Laguna del Chinche, más cerca del Víboras, y Laguna Honda, un poco más alejada. Sus aguas son utilizadas para el olivar de riego, y en menor grado para el regadío de las hortalizas. Por otra parte las aguas de los arroyos alcaudetenses riegan 13.500 ha, pertenecientes casi todas ellas al cultivo principal de Alcaudete, es decir, el olivo. Por importancia podemos citar: Fuente Nueva, Chiclana, Ahillo, Fuente la Zarza, Maimón, Fuente Záide, Chorreadero, etc.
