En el siglo XIX, el Condado de Alcaudete, que pertenecía a la casa de Alba, pasa a la del Duque de Frías. Durante la guerra de la independencia, en 1808, el pueblo de Alcaudete obligó a rendirse a una escolta francesa de caballería que se había alojado en el Mesón del Conde. También los alcaudetenses tomaron parte en la batalla de Bailén, con un destacamento mandado por D. Diego de Aguilera.
En 1836 hubo aquí una gran batalla entre carlistas y liberales. En general carlista Gómez llegó a Alcaudete el 29 de noviembre, procedente de Cabra y con destino a Martos. Se detuvo con sus tropas a descansar. Pero aquella misma noche entró el general liberal Alaix y rodeó el pueblo con cuatro compañías. Gómez, tras una durísima batalla, tuvo que huir con sus soldados supervivientes hacia Martos, pasando el río Víboras por un vado y un puente que ellos mismo construyeron. Por la mañana, calles y plazas aparecieron llenas de muertos.
Uno de los personajes más destacados de esta época fue José de Torres Ortega, que nació en Valdepeñas de Jaén, el 13 de marzo de 1833, trasladando muy pronto su residencia a Alcaudete, donde pasó el resto de su vida. Falleció el 2 de enero de 1902. Fue Alcalde de esta ciudad, distinguiéndose por su honrada, eficaz y acertada gestión para los intereses de Alcaudete. Posteriormente ostentó el cargo de Consejero Provincial. Cuando fueron constituidas las Diputaciones Provinciales fue diputado muchos años, llegando a alcanzar la presidencia del citado organismo. Formó parte de la Junta de Reformas Provinciales, que funcionó después de la Restauración y tantos beneficios trajo. Siendo Presidente de la Diputación creó el Gabinete Antirrábico en el Hospital Provincial, de gran importancia en aquél tiempo, debido a la cantidad de casos de rabia que de continuo se producían. Perteneció a la Distinguida y Real Orden de Carlos III.
D. Juan Motilla y Adán, fue otro de los personajes más importantes e influyentes de nuestro pueblo. Nació en 1856 y vivió en una casa situada encima de la Fuente de la Villa, actualmente desaparecida, y en la que figuraba una lápida conmemorando la efemérides de su nacimiento. Estudió leyes en Granada y, más tarde, marchó a Madrid, donde ejerció la abogacía simultaneándola con el periodismo y la política. En 1881 fue elegido diputado por el distrito de Guadix, representando diversos distritos en sucesivas legislaturas. Tras haber desempeñado los cargos de Director General de Comunicaciones, y Fiscal del Tribunal Supremo, fue nombrado Ministro de Gracia y Justicia en el último gobierno de la Regencia de María Cristina. También formó parte del primer gobierno de Alfonso XIII. Murió en 1903.
Durante la guerra civil (1936-1939), Alcaudete estuvo situado en la zona republicana, casi en la línea del frente. La frontera estaba en el río San Juan. El puente de Baena y el de Alcalá fueron cortados. El pueblo sufrió bastantes bombardeos aéreos, destacando el de marzo de 1938, que destruyó Santa Clara, y el que destruyó S. Francisco. El 28 de marzo de 1938 también fue cañoneado durante la batalla de Cornicabra.
Después de la guerra se han construido barrios nuevos, como el de las Protegidas, Belén y la Paz, así como el Parque y el paseo de la Fuensanta, y el nuevo santuario de la patrona, Virgen de la Fuensanta, que había sido destruido por los terremotos del año 1951.
En los últimos años el aspecto urbano de Alcaudete ha mejorado notablemente. Se han pavimentado numerosas calles, han surgido nuevas y modernas edificaciones y se ha extendido el pueblo hacía el E., hasta el punto de dar origen a nuevas calles, situadas entre el parque y la carretera de la Fuensanta. Uno de los aspectos más destacados de esta mejora es el escolar, con la construcción y funcionamiento de tres Colegios de Enseñanza Primaria, uno de Párvulos y dos de Enseñanza Secundaria. Hay, también, una guardería infantil y un hogar del jubilado, de reciente creación.